Der in Zaire geborene portugiesische Bass João Fernandes studierte Gesang an der Guildhall School of Music and Drama in London. Das Studium schloss er mit der Auszeichnung European Premier Prix ab.

Seit seinem Bühnendebüt 2002 unter William Christie in ‚Les Indes galantes‘ an der Opéra de Paris erlangte er weltweit Anerkennung als einer der führenden Interpreten des barocken, klassischen und Belcanto-Repertoires. So sang er unter namenhaften Dirigenten wie Hervé Niquet, René Jacobs, Christophe Rousset, Laurence Cummings, Christian Curnyn, Ivor Bolton, Marc Minkowski, Christina Pluhar, Ottavio Dantone, Sir Colin Davis, Thomas Sanderling und David Stern.

Seine rege Gastiertätigkeit führte ihn an international renommierte Opernhäuser wie die New York City Opera, das Théâtre du Châtelet, die Opéra Comique, das Théâtre des Champs-Élysées, die Opéra Royal du Château de Versailles, die Opéra de Lyon, das Royal Opera House, die Komische Oper Berlin, die Mailänder Scala, das Teatro Nacional de São Carlos in Lissabon sowie das Théâtre de la Monnaie in Brüssel, sowie in Konzertsäle wie das das Lincoln Center in New York und die Wigmore Hall in London, und zu Festivals wie das Festival d’Aix-en-Provence, die Internationalen Händel-Festspielen Göttingen und die Händel-Festspielen in Halle. João Fernandes ist ein regelmäßiger Solist bei Les Arts Florissants, Les Musiciens du Louvre, Le Concert Spirituel, L’Arpeggiata, und Les Talens Lyriques.  Darüber hinaus hat er in zahlreichen DVD- und CD-Aufnahmen für Glossa, Decca, Deutsche Grammophon, Alpha, Naxos sowie Deutsche Harmonia Mundi mitgewirkt.

2016 wurde João Fernandes für seine Interpretation des Claudio in Händels ‚Agrippina‘ mit dem Helpmann Award ausgezeichnet. Mit dieser Partie debütierte er in der Spielzeit 2016/17 am Oldenburgischen Staatstheater und kehrte 2017/18 für die Partie des Don Magnifico in ‚La Cenerentola‘ zurück. Seit der Spielzeit 2021/22 gehört der Bass zum Oldenburger Ensemble.